Animalia har hovedfinansiering fra midler til faglige tiltak fra omsetningsavgiften.
Denne avgiften er lovregulert og blir innbetalt av bøndene som en avgift per kilo ved slakting og ved førstegangsomsetning av egg. Innbetaling av omsetningsavgift går til tre ulike fond; fondet for storfe, svin og sau/lam, fondet for kylling og kalkun og fondet for egg.
I tillegg til omsetningsavgiftsmidlene har Animalia inntekter fra salg av tjenester og produkter samt at Animalia søker støtte til forsknings- og utviklingsprosjekter fra offentlige prosjektfinansieringskilder som Norges forskningsråd, forskningsmidler over Jordbruksavtalen, fondet for forskningsavgift for landbruksprodukter, kompetanseutvikling i landbruket og EU-midler.
Til utvikling og drift av bransjefelles oppgaver ble det forbrukt 73,3 mill. kr av omsetningsavgiftsmidler i 2023. Andre inntekter fra prosjekter, oppdrag og tjenester beløp seg til 58,9 mill. kr.